O Setor de Psicologia da APAE-JP atua nos âmbitos da Educação e da Saúde, em conjunto com uma equipe multiprofissional, colaborando para a compreensão dos processos intra e interpessoais, através de práticas terapêuticas adequadas às diversas faixas etárias, buscando a integridade de seus usuários e a sua reinserção social enquanto cidadãos. Torná-los seres bio-psico-sociais ativos e participativos em uma sociedade que está em processo de redefinição de seus próprios conceitos e de conceitos pré-estabelecidos é o principal objetivo dos profissionais que fazem parte do Setor de Psicologia. A abordagem psicoterapêutica realiza-se por meio de avaliações, anamneses e encaminhamentos terapêuticos; atendimentos individuais e em grupos; orientações familiares; visitas domiciliares; participações em reuniões entre os pais e a instituição; reuniões sistemáticas com a equipe multiprofissional e nas demais áreas onde as questões concernentes à profissão se façam presentes e sua atuação seja pertinente.